Les collections du musée maritime se déclinent en plusieurs thématiques :
La vie du marin capiste autrefois, sa famille, sa maison.
Les vieux métiers de la mer, leurs techniques, leurs secrets.
Les pêches locales, les pêches hauturières.
La charpenterie navale.
La navigation.
Les phares de légende.
L’histoire du sauvetage en mer en Cap Sizun, et des sauveteurs capistes.
Les activités industrielles liées à la pêche, notamment les conserveries.
La marine de guerre et la marine marchande.
Des pièces exceptionnelles issues de l’archéologie sous-marine.
Des vestiges de l’Estrid et du Bessel, navires naufragés près d’Audierne.
Une bibliothèque réunissant magazines, ouvrages techniques, récits, fictions.
Des archives documentaires, iconographiques, numériques.